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ただし事業年度に対応した納税証明書を取得できるのが例年8月行こうとなっているため

取得できない場合はどの年度の納税証明書を取得また添付すればいいのでしょうか？

直近の個人事業税の納税証明書を添付してくださいとなっています。

具体例で確認すると、

平成29年度の決算については平成30年4月末までに決算変更届を提出しなければなりません。

この場合において添付できる納税証明書は平成29年度のものではなく、

平成28年度の納税証明書しか取得ができないため申請するときにおいて

最新の納税証明書が平成28年度のため添付する書類としては、

この書類を添付することとなります。

逆に言いますと4月末までの時点において取得できるのは

平成28年度の納税証明書しか取得できないためこれ以上新しいものは取得できません。

翌年の決算変更届に添付する納税証明書はどの年度の納税証明書を添付することとなるのか？

例えば平成29年9月に申請をし10月に許可が下りた場合を考えると

9月に申請しているときに添付した納税証明書は平成28年度の納税証明書を添付したこととなります。

そして平成29年度の決算が12月に終わり翌年平成30年4月末までに決算変更届を提出する場合、

平成29年度の納税証明書は8月以降でないと添付できない取得できないため

平成29年度の決算変更届も平成28年度の納税証明書を再度添付することとなります。

一番最新の納税証明書を添付すれば問題ないわけですから

結果的に同じ年度の納税証明書で申請することとなっても問題はありません。

これは法人の場合も同様に考えていただいて大丈夫です。